Die 1979 gegründeten Werkstätten wurden als Teil einer christlichen Jugendarbeit in Anlehnung an die reformierte Landeskirche geführt. In einer Liegenschaft an der Maiengasse waren zu Beginn eine kleine Kerzengiesserei, eine Töpferei, ein Rahmen- und Malatelier und ein Laden untergebracht.

Der Mangel an geeigneten Arbeitsplätzen für Männer war Anlass dafür, dass 1981 in einer Altliegenschaft in Kleinbasel 500m2 Gewerbefläche gemietet wurden. Mit einfachen Mitteln wurde in einer ehemaligen Hutfabrik mit der Produktion von Holzspielwaren begonnen.
Bald darauf stellte man an der nationalen Einkäufermesse „Ornaris“ in Bern aus. Die Holzproduktion verzeichnete Wachstum, weitere Flächen wurden dazu gemietet, bis sich die Gelegenheit bot, die ganze Liegenschaft mit insgesamt über 2500m2 Arbeitsfläche zu erwerben. Mit Unterstützung des Bundesamtes für Sozialversicherung, der Bürgergemeinde Basel-Stadt und vielen Freunden der Arbeit konnte die Liegenschaft 1986 gekauft und renoviert werden.

1991 wurde das Weizenkorn in eine Stiftung überführt. 1992 begann die Schreinerei ihre Tätigkeit. Dieser marktwirtschaftlich orientierte Bereich trägt viel zum unternehmerischen Charakter der Institution bei.

Durch das 1999 eröffnete Kreativatelier mit seinem niederschwelligen Arbeitsangebot und der Übernahme des Restaurants an der Eulerstrasse 9 im Frühjahr 2001 entstanden innerhalb des Weizenkorns vielfältige Arbeitsmöglichkeiten, welche eine individuelle Förderung gewährleisten.

Im Jahr 2003 wurde an der Venedigstrasse 37 eine zusätzliche Werkstatt eröffnet in der die bekannten Weizenkornkerzen hergestellt werden. Im 2006 entstand im gleichen Gebäude eine Holzwerkstatt.

Ein weiterer Meilenstein wurde im Jahr 2010 gesetzt, mit der Übernahme des DASBREITEHOTEL in Basel. Dieses Hotel wurde 2005 gegründet und suchte eine neue Trägerschaft. So kam es dazu, dass dieser Hotelbetrieb, der besonders in der Gastronomie und in der Hauswirtschaft geschützte Arbeitsplätze anbietet, neu unter der Stiftung Weizenkorn weitergeführt wird.